Die Aktivierung des Komplementsystems erfolgt auf einem klassischen und einem alternativen Weg. Beide münden in eine gemeinsame terminale Endstrecke. Da der Komplementfaktor C3 ein gemeinsamer Faktor beider Wege ist, lassen sich C3-Konzentration und -Abbauprodukte (einschließlich C3c) als Messgröße einer Aktivierung des Komplementsystems einsetzen.
Erniedrigte Werte sprechen für eine Aktivierung, eine zusätzliche Differenzierung kann durch die Bestimmung von C4 erfolgen. Ist C4 normal, liegt mit einiger Wahrscheinlichkeit eine Aktivierung des alternativen Weges vor. Erniedrigte Werte werden bei einer Vielzahl von entzündlichen und infektiösen Erkrankungen beobachtet. Primäre Ursachen sind systemischer Lupus erythematodes (SLE), rheumatoide Arthritis, subakute bakterielle Endocarditis, Virämie, parasitäre Infektionen oder bakterielle Sepsis. Ein starker Abfall von C3 ist bei Patienten mit partieller Lipodystrophie oder membranproliferativer Glomerulonephritis feststellbar, wenn die Patienten den C3‑Nephritisfaktor aufweisen.