Bei einem normal funktionierenden Immunsystem bleibt eine Infektion mit P. jirovecii klinisch inapparent. Eine Erkrankung tritt vor allem bei Patienten auf, welche einen Defekt in der zellulären Immunabwehr aufweisen (z.B. AIDS). Die daraus folgende Pneumonie präsentiert sich mit trockenem Husten und zunehmender Dyspnoe.