Nach peroraler Aufnahme einer reifen Zyste beginnt die akute Krankheit mit Abdominalbeschwerden und Durchfallepisoden. Der abgesetzte Stuhl kann breiig und auch blutig ("himbeergeleeartig") sein. Eine über Monate oder Jahre anhaltende, rezidivierende Kolitis ist möglich. Von der infizierten Darmwand aus kann es zu einer hämatogenen Streuung in andere Organe kommen, meistens in die Leber, wobei Leberabszesse entstehen. Mikroskopisch kann zwischen der pathogenen Art E. histolytica und der apathogenen Art E. dispar nicht differenziert werden.